La visite se déroule comme une ballade au cœur des différents cours d'eau reconstitués : la mise en valeur de la diversité aquacole est une préoccupation essentielle de l'Aquarium du Périgord Noir. Ainsi, du ruisseau au lac, le visiteur apprend à mieux connaître les habitants de nos cours d'eau grâce à de nombreux supports d'informations (signalétique lumineuse).
Afin d'approfondir les connaissances des visiteurs et d'appréhender les coulisses de l'aquarium, un guide de visite
est également disponible Avec un programme de visite pédagogique adapté aux écoles, le Parc Aquarium accueille chaque année, plusieurs milliers d'élèves.