À l'intérieur, le maître-autel, surmonté d'une Vierge à l'Enfant, oeuvre de 1868 du sculpteur Joseph Fabisch, est encadré, de gauche à droite, par quatre chapelles dédiées respectivement au Sacre-Cour, à saint Pierre, à saint Joseph et à saint Jean l'Évangéliste. La chapelle Saint-Jo­seph abrite le reliquaire, exécuté par les or­fèvres lyonnais Armand-Calliat-Catelant, contenant une relique de sainte Bernadette, en l'occurrence sa cinquième côte droite, préle­vée lors de la troisième exhumation de 1925. Dans cette crypte, les fidèles viennent adorer, en hiver, le saint sacrement. Ils peuvent le faire, également, toute l'année, à la chapelle de l'Adoration, qui jouxte l'église Sainte-Ber­nadette, et, dans la journée, en été, dans la tente de l'Adoration dressée dans la prairie.