L’oïdium qui s’est abattu sur le vignoble médocain entre 1852 et 1860 fait terriblement chuter les rendements du château Gruaud-Larose. Pour lutter contre ce fléau, la technique du soufrage des vignes se généralise à l’ensemble des domaines. Après un siècle d’excellence, la classification officielle des vins de Bordeaux de 1855 confirme la place du château Gruaud-Larose parmi les plus grands. Il est officiellement élevé au rang de second cru classé. L’oïdium est maintenant contenu, et dans la décennie 1861-1870, la production des châteaux du médoc augmente de nouveau.

Les deux domaines de Gruaud-Larose peuvent ainsi profiter des cours élevés du vin et d’une productivité viticole d’excellente qualité. Cependant, en 1874, le phylloxéra met en danger le vignoble médocain. Impuissants face à ce fléau, les propriétaires sont contraints, à partir de 1895, de substituer aux pieds malades des plants d’origine américaine plus résistants, utilisés comme « porte-greffe ». Dès 1878, le mildiou, autre maladie de la vigne, endommage de manière désastreuse les grappes et le feuillage, affectant la qualité de la récolte.

Après une longue période de crise dans le Médoc qui débute en 1890, de nombreux domaines dont Graud-Larose sont obligés, pour assurer un minimum de revenus, de vendre à l’avance leur récolte, par la technique des abonnements. Gruaud-Larose Sarget recouvre sa « liberté » en 1916, et Gruaud-Larose Bethmann en 1919. En 1917, Désiré Cordier, négociant en vins de l’Est de la France se porte acquéreur du château Gruaud Larose Sarget. La famille investit dans tout le vignoble Bordelais, et achète ainsi à la même époque les châteaux Fanning-Lafontaine dans les Graves, Lafaurie-Peyraguey dans le Sauternais, Talbot à Saint-Julien-Beychevelle et Meyney à Saint-Estèphe. Désiré Cordier achète en 1935 Gruaud-Larose Bethmann et reconstitue ainsi le domaine initial du fondateur. À la mort de Désiré Cordier en 1940, Paul et Henri Lemaire gèrent alors le domaine, jusqu’à la nomination, en 1947, de Jean Cordier, son petit fils à la tête de Gruaud-Larose. Dès sa prise de fonction, Jean Cordier modernise la gestion du château, accroît sa notoriété et renouvèle la plus grande partie du vignoble. Agrandi, rajeuni et rénové, le domaine produira des récoltes plus abondantes, notamment grâce à la plantation de cabernet-sauvignon de manière majoritaire. Les années 80 marquent un changement dans les méthodes de négociation de gros marchés. L’apport de capitaux extérieurs devient indispensable. En 1983, le groupe Suez investit dans la société Cordier par l’intermédiaire de sa filiale, Banque La Hénin, donnant à l’entreprise familiale une envergure internationale. Le groupe Alcatel Alsthom se porte acquéreur du château en 1993 et décide de s’investir dans la rénovation de la propriété: le château est entièrement restauré, les espaces verts sont repensés. Les chais sont agrandis, une partie des cuves est reconstruite en bois. Le groupe met également à disposition de l’équipe technique un dispositif technologique unique en Médoc. La réception des vendanges ainsi que les cuves sont suivies par un système informatique. Un laboratoire œnologique, une station météorologique et une station d’épuration sont installés dans l’enceinte même de la propriété. En 1997, la famille Merlaut se porte acquéreur de la propriété et poursuit la politique impulsée par son prédécesseur depuis le début des années 90 : produire un vin de classe mondiale tout en respectant l’environnement et les traditions.